Πρώην στενός συνεργάτης του Αντώνη Σαμαρά επί σειρά ετών, ο κ.Μπαλτάκος παραιτήθηκε από τη θέση του γενικού γραμματέα της κυβέρνησης στις 2 του περασμένου Απριλίου μετά την αποκάλυψη της μαγνητοσκοπημένης συνομιλίας του με τον Ηλία Κασιδιάρη της Χρυσής Αυγής.
Ο πρωθυπουργός είχε ουσιαστικά ζητήσει την αποπομπή του δηλώνοντας όταν ενημερώθηκε για τη δημοσιοποίηση του βίντεο ότι εάν είναι έτσι δεν έχει θέση στην κυβέρνηση ο κ.Μπαλτάκος, ενώ συνεργάτες του κ.Σαμαρά έκαναν λόγο για προσωπικές στρατηγικές του μέχρι τότε γραμματέα της κυβέρνησης εν αγνοία του Μεγάρου Μαξίμου.
Στην ανακοίνωση της παραίτησης του ο κ.Μπαλτάκος είχε υποστηρίξει ότι λόγω της γειτνίασης των γραφείων της Γενικής Γραμματείας της Κυβέρνησης και της Χ.Α στη Βουλή είχε συχνές συμπτωματικές συναντήσεις με τους βουλευτές του κόμματoς αυτού και πως όσα είπε στον κ.Κασιδιάρη τα είπε για να απαλλαγεί από την πίεση του.
Οι απόψεις του κ.Μπαλτάκου όμως είχαν συχνά προκαλέσει αντιδράσεις όχι μόνο από την αντιπολίτευση, αλλά και μεταξύ των κεντρώων της Νέας Δημοκρατίας, καθώς ο πρώην γενικός γραμματέας της κυβέρνησης είχε “απειλήσει” γαλάζιους βουλευτές πως εάν δεν ψήφιζαν προαπαιτούμενα θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν οι ψήφοι της ΧΑ και δήλωνε υπερήφανος αντικομμουνιστής.
Μετά την παραίτηση του φέρεται να λειτουργεί αυτόνομα ελπίζοντας σε προσωπική δικαίωση και επιστροφή στο πολιτικό σκηνικό και έχει πολλές φορές σε συνομιλητές του κάνει λόγο για την ανάγκη δημιουργίας ενός νέου δεξιού κόμματος, με στόχο την αντιμετώπιση του ενδεχομένου να κυβερνήσει η αριστερά.