Στη μη υπηρεσιακή αναφορά του προς τον Αρχηγό ΓΕΕΘΑ, ο Υποναύαρχος Αντώνιος Παπαϊωάννου αναφέρει τα εξής σχετικά με την αίτηση αποστρατείας του:
«Κατά την προσωπική μου άποψη, το τελευταίο διάστημα, το ΠΝ έχει μεταβάλει σημαντικά τον αξιακό του Κώδικα που έχει σαν αποτέλεσμα τη δυσαρέσκεια του στρατιωτικού προσωπικού και την έλλειψη οράματος και φιλοδοξίας που απορρέει από αυτό. Δεν ισχυρίζομαι ότι κατά το παρελθόν και στην έκταση που μου ήταν δυνατόν να αντιληφθώ δεν συνέβαιναν γεγονότα που έρχονταν σε προφανή αντίθεση με τους όρους της ορθής και αξιοκρατικής λειτουργίας του ΠΝ, πλην όμως, κατά την άποψή μου, τα φαινόμενα αυτά μεγεθύνθηκαν σε βαθμό που πάγιοι κανόνες και αρχές να κλονίζονται σημαντικά.
Είναι αναντίρρητο ότι η μεταβολή των κοινωνικο-οικονομικών συνθηκών μεταβάλλει γενικότερα αρκετές παραμέτρους λειτουργίας του ΠΝ, αφού τούτο αποτελεί μέρος του κοινωνικού συνόλου. Παρά το γεγονός ότι η υφιστάμενη οικονομική συγκυρία δεν αποτελεί επʼ ουδενί αιτολογία για τη μη υλοποίηση θεσμικών αλλαγών που θα βελτιώσουν και θα ανακουφίσουν τα χρόνια προβλήματα του στρατιωτικού προσωπικού, όσον αφορά κυρίως αξιοκρατικά κριτήρια τοποθέτησης, φαίνεται ότι ουδεμία κινητικότητα προς την κατεύθυνση αυτή υπάρχει. Τούτο μου δημιουργεί εύλογη ανησυχία για τη μελλοντική εξέλιξη στο ΠΝ που με αγάπη και σεβασμό υπηρέτησα για 35 χρόνια.
Η εικόνα που συνοπτικά περιγράφω παραπάνω δεν μου έγινε αντιληπτή από την ημερομηνία προαγωγής μου σε Υποναύαρχο, αλλά προϋπήρχε και από την εκάστοτε θέση μου κατέβαλα κάθε προσπάθεια να συγκρατώ και αν αποφεύγω ό,τι με έπειθε ότι λειτουργούσε σε βάρος του ΠΝ. Ήλπιζα ότι η προαγωγή μου σε Υποναύαρχο και η επακόλουθη συμμετοχή μου στο Ανώτατο Ναυτικό Συμβούλιο (ΑΝΣ) που αξιωματικά αποτελεί το ανώτατο όργανο λήψεως αποφάσεων του ΠΝ, θα μου έδινε τη δυνατότητα να επεμβαίνω και διατυπώνοντας τις απόψεις μου να παρουσιάζω την εικόνα που από την πλευρά μου έχριζε άμεσης αλλαγής. Δυστυχώς, οι προσδοκίες μου αυτές διαψεύστηκαν και είδα την παρουσία μου σε αυτό να μετατρέπεται σε μία ανούσια και τυπική συμμετοχή.
Θα ευχόμουν τα παραπάνω να αποτελούν δική μου λανθασμένη αντίληψη. Φοβούμαι όμως ότι όσο και αν η υποκειμενικότητα αποτελεί στρέβλωση της πραγματικότητας, η σημερινή κατάσταση στο ΠΝ είναι διαφορετική από το προσωπικό μου σύστημα αξιών που ούτε εγώ μπορώ να την εκφράσω, αλλά ούτε αυτή να με εκπροσωπεί.
Για τους παραπάνω λόγους και με πολλή αγάπη για το ΠΝ και το προσωπικό που υπηρετεί σε αυτό υπέβαλα την παραίτησή μου με την ελπίδα ότι με τον τρόπο αυτόν η έξοδός μου από τις τάξεις του ΠΝ θα μου πρόσφερε περισσότερα από τη συνέχιση της παραμονής μου που θα την επέβαλαν περισσότεροι λόγοι επαγγελματικής φιλοδοξίας, παρά πεποίθηση ουσιαστικής συνεισφοράς».
Στην απάντηση του Α/ΓΕΝ προς τον Α/ΓΕΕΘΑ σχετικά με την παραπάνω αναφορά αποστρατείας, η οποία θα διαβιβαστεί στον Υποναύαρχο Αντώνιο Παπαϊωάννου, αναφέρονται τα εξής:
«Η γενικότερη αναφορά του (Υποναύαρχου Αντώνιου Παπαϊωάννου) και ο αόριστος σχολιασμός του με υπαινικτικές διατυπώσεις που δεν μορφοποιούν συγκεκριμένο αίτημα/παράπονο και δεν προτείνουν συγκεκριμένο σχήμα ή μοντέλο λειτουργίας του στρατεύματος, δεν αφήνουν περιθώρια στη Διοίκηση να αντιληφθεί τις κατά την άποψή του οφειλόμενες υποχρεώσεις της τόσο έναντι του συνόλου του προσωπικού του ΠΝ, όσο και προς το πρόσωπό του. Το ΠΝ,όπως και όλες οι ΕΔ βρίσκονται σε αναμονή της αλλαγής πολλών σημαντικών μεταβολών που δεν είχαν προχωρήσει επί σειρά ετών, καθώς ήδη παρουσιάζεται στη Βουλή και πρόκειται να ψηφισθεί εντός των ημερών, νομοσχέδιο που επιβάλλει αυστηρούς κανόνες αξιοκρατίας/διαφάνειας και νομιμότητας στην υπηρεσιακή εξέλιξη του προσωπικού, μετά τη ρύθμιση του συνταξιοδοτικού θέματος με τον καλύτερο δυνατό τρόπο για το στρατιωτικό προσωπικό, εν όψει των γενικότερων κοινωνικο-οικονομικών συνθηκών, όχι μόνο στην Ελλάδα, αλλά και σε όλη την Ευρώπη. Επιπλέον με απόφαση ΣΑΓΕ-ΣΑΜ-ΚΥΣΕΑ, οριστικοποιήθηκε μετά από πολλά χρόνια συζήτησης, η νέα δομή Διοίκησης, ενώ θεσπίζονται με το νομοσχέδιο νέες ορθολογιστικές και διαφανείς διακλαδικές διαδικασίες για τη Δομή Δυνάμεων και το μακροπρόθεσμο και μεσοπρόθεσμο πρόγραμμα Εξοπλισμών, υπό το διαρκή έλεγχο της Βουλής. Τέλος, ως προς τα εξοπλιστικά του ΠΝ, αυτά προωθούνται μετά την υπερπήδηση σημαντικών προβλημάτων που είχαν ανακύψει εδώ και χρόνια, όπως αυτά των υποβρυχίων τύπου 214 και 209.
Ειδικότερα η χαρακτηριζόμενη από μέρους του ʽʼανούσια και τυπικήʼʼ συμμετοχή του στο πλαίσιο των συνεδριάσεων και εργασιών του ΑΝΣ, η οποία κατά την άποψή του διαψεύδει τις προσδοκίες του, δεν αντανακλά στο γενικότερο πνεύμα της Ηγεσίας, καθόσον βασικός κανόνας λήψης των αποφάσεων, είναι η κατόπιν προτροπής του προεδρεύοντος του Συμβουλίου λεπτομερής διαλογική συζήτηση και η συνεκτίμηση των εκφραζομένων απόψεων του συνόλου των μελών για αμφίπλευρη εξέταση όλων των θεμάτων, πριν από τη λήψη των κατά περίπτωση αποφάσεων.
Άλλωστε, η κατά ανωτέρω τακτική διαφανούς λειτουργίας του Ανωτάτου Θεσμικού Οργάνου του ΠΝ (ήτοι του ΑΝΣ), η οποία ουδέποτε διαψεύστηκε ή αμφισβητήθηκε από τα μέλη του, έρχεται εν προκειμένω να διαψεύσει πλήρως τους ισχυρισμούς/υπαινιγμούς του, καθόσον τούτο επαληθεύεται μέσα από τη συμμετοχή του και τις προσωπικές του θέσεις στο σύνολο των συνεδριάσεων του ΑΝΣ/Ολομέλειας κατά το τελευταίο τρίμηνο (13 πρακτικά), μέσα από τα οποία πασιφανώς προκύπτει ότι αφενός μεν δεν αντιτάχθηκε στις ληπτέες αποφάσεις, αφετέρου δε ουδέποτε εξέφρασε έστω αμυδρώς τις αντιρρήσεις του προς αποδυνάμωση των εκφρασθεισών θέσεων των λοιπών μελών. Επιπρόσθετα, ουδέποτε ανέφερε ή πρότεινε τρόπο αλλαγής του ΑΝΣ ακόμη και σε κατʼ ιδίαν συνάντηση με τον προεδρεύοντα του ΑΝΣ.
Λόγω της προηγούμενης εμπειρίας στην αντιπειρατική αποστολή της ΑΤΑΛΑΝΤΑ, επισημαίνεται ότι το ΠΝ είναι ιδιαίτερα υπερήφανο για τους επαίνους που συγκεντρώνουν όλα τα πλοία που συμμετείχαν, με χαρακτηριστικό παράδειγμα τις τελευταίες Φ/Γ ΣΑΛΑΜΙΣ και ΛΗΜΝΟΣ.
Κατόπιν των όσων διελήφθησαν στη σχετική αναφορά του εν λόγω Αξιωματικού, τα οποία στο σύνολό τους απηχούν στις απόψεις του και δεν ευρίσκουν ερείσματα στα πραγματικά περιστατικά, αναφέρεται ότι, για την υποβληθείσα αίτηση αποστρατείας του, αναλήφθηκαν ενέργειες κατά τα προβλεπόμενα».
