Πολύ κοντά σε συμφωνία που θα επιτρέπει στα εν αποστρατεία στελέχη του Πολεμικού Ναυτικού να εργάζονται και σε πλοία του ελληνικού εμπορικού στόλου, βρίσκεται το Γενικό Επιτελείο Ναυτικού με το υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας. Σύμφωνα με πληροφορίες οι σχετικές συνομιλίες ενδέχεται να ολοκληρωθούν ακόμη και μέσα στην επόμενη εβδομάδα δεδομένου ότι, όπως επισημαίνουν κύκλοι του ΓΕΝ, οι αρμόδιες υπηρεσίες του Λιμενικού Σώματος έχουν σχεδόν ολοκληρώσει το πλαίσιο που θα διέπει τις υπηρεσίες που θα μπορούν να προσφέρουν τα εν αποστρατεία στελέχη του Π.Ν σε ελληνικά εμπορικά πλοία. Σύμφωνα με τους ίδιους κύκλους, με βάση τις συζητήσεις που έχουν γίνει μέχρι και σήμερα εκτιμάται ότι όταν ολοκληρωθεί η παραπάνω διαδικασία τα στελέχη του Π.Ν, κατόπιν εκπαίδευσης, θα μπορούν να καταλαμβάνουν θέσεις δεύτερου και τρίτου πλοιάρχου στη γέφυρα, καθώς επίσης και τις αντίστοιχες θέσεις του δεύτερου και τρίτου μηχανικού στο μηχανοστάσιο και σε πλοία του εμπορικού ναυτικού με ελληνική σημαία. «Δεν είναι δυνατόν να έχει στηθεί μία αμφιβόλου ποιότητας βιομηχανία επί πληρωμής πιστοποιητικών που υποτίθεται ότι επιτρέπουν σε ε.α στελέχη του Π.Ν να εργάζονται σε πλοία με ξένη σημαία και το ΥΕΝ να κωλυσιεργεί τη λήψη αποφάσεων που θα μπορούσαν εν μια νυκτί να θέσουν τέρμα σε μια αδικία που υπάρχει εδώ και πολλά χρόνια. Δεν είναι δυνατόν να μην επιτρέπεται σε εν αποστρατεία στελέχη του Π.Ν που έχουν υπηρετήσει ως κυβερνήτες φρεγατών ή άλλων μεγάλων σκαφών του στόλου, να πλοιαρχήσουν ακόμη και σε μικρά σκάφη του εμπορικού μας ναυτικού» τονίζουν υψηλόβαθμα στελέχη του Γενικού Επιτελείου Ναυτικού. Να σημειώσουμε πως μετά την πλήρη εφαρμογή του Π.Δ. 243/1998 (το έτος 2002), που εναρμονίζει το καθεστώς με τα προβλεπόμενα στην Διεθνή Σύμβαση STCW/78, όπως έχει τροποποιηθεί, το ΥΕΝ αρνείται να εκδώσει οποιοδήποτε πιστοποιητικό Ναυτικής ικανότητας σε προσωπικό το οποίο προέρχεται από το Πολεμικό Ναυτικό.
Αυτό συμβαίνει γιατί το ΥΕΝ βασιζόμενο στο τελευταίο άρθρο του παραπάνω νόμου που προβλέπει ότι κάθε άλλη διάταξη που έρχεται σε αντίθεση καταργείται, αντί να εναρμονίσει τα ισχύοντα και για τους προερχόμενους από το Πολεμικό Ναυτικό, όπως έκανε και με τους αποφοίτους σχολών του Εμπορικού Ναυτικού, προτίμησε να θεωρεί ότι έχουν καταργηθεί. Από το 2004 έως και σήμερα υπάρχουν αποφάσεις του ΣτΕ αλλά και γνωμοδοτήσεις του Συνηγόρου του Πολίτη και Νομικών Συμβούλων του Κράτους, οι οποίες δικαιώνουν τους προσφυγόντες και αποφαίνονται ότι ο νόμος πρέπει να εναρμονιστεί με τις απαιτήσεις της STCW/78 προσθέτοντας την απαραίτητη εκπαίδευση που πρέπει να περάσει ένας απόστρατος του ΠΝ. Βασικό αίτημα του ΓΕΝ στις διαπραγματεύσεις του με το ΥΕΝ είναι η τροποποίηση της σχετικής νομοθεσίας ώστε να αναγνωρίζεται «κατ ελάχιστον» η ισοτιμία των πτυχίων και της προϋπηρεσίας των προερχομένων από το Πολεμικό Ναυτικό στελεχών, προκειμένου να σταματήσει το φαινόμενο οι τελευταίοι να ναυτολογούνται σε πλοία του εμπορικού ναυτικού ως απλοί ναύτες.