Η Σχολή ιδρύθηκε στην Αθήνα το 1926 με πρώτη ονομασία Στρατιωτική Ιατρική Σχολή (ΣΙΣ) και λειτούργησε μέχρι το 1935.
Το 1937 επανιδρύθηκε ως Σχολή Αξιωματικών Στρατιωτικών Υπηρεσιών (ΣΑΣΥ) απ' όπου αποφοιτούσαν Αξιωματικοί ως Ιατροί και Στρατολόγοι και λειτούργησε με τη μορφή αυτή μέχρι την έναρξη του Ελληνοϊταλικού πολέμου. Οι τότε απόφοιτοι και Μαθητές στελέχωσαν τις υγειονομικές και στρατολογικές υπηρεσίες και αρκετοί βρέθηκαν στην πρώτη γραμμή του μετώπου, στηρίζοντας τον Έλληνα μαχητή. Αρκετοί από αυτούς θυσιάστηκαν υπέρ πατρίδος.
Το 1947 η Σχολή μετεγκαταστάθηκε και επαναλειτούργησε ως Στρατιωτική Ιατρική Σχολή στη Θεσσαλονίκη, όπου είναι εγκατεστημένη μέχρι και σήμερα.
Το 1953 προστέθηκαν τα Τμήματα του Κτηνιατρικού, Οδοντιατρικού και Φαρμακευτικού.
Το 1970 η Στρατιωτική Ιατρική Σχολή μετονομάστηκε σε Στρατιωτική Σχολή Αξιωματικών Σωμάτων (ΣΣΑΣ) με την προσθήκη των Τμημάτων Δικαστικού, Στρατολογικού και Οικονομικού (το Δικαστικό τμήμα έπαψε να υφίσταται το 1986).
Από το 1989 εισάγονται στη Σχολή και γυναίκες.
Το 2005 λειτούργησε για πρώτη φορά το Ψυχολογικό Τμήμα.
Το 2010 με το Ν.3883/2010 το Τμήμα Στρατολογικού (Σ) μετονομάστηκε σε Τμήμα Στρατολογικού-Στρατιωτικών Νομικών Συμβούλων (ΣΣΝΣ).
Όλοι οι Μαθητές φοιτούν στις αντίστοιχες Σχολές και Τμήματα του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης.
Οι απόφοιτοι της Σχολής κατανέμονται στους τρεις Κλάδους των Ενόπλων Δυνάμεων (Στρατός Ξηράς, Πολεμικό Ναυτικό, Πολεμική Αεροπορία). Μικρός αριθμός αποφοίτων του Ιατρικού Τμήματος κατανέμεται στην Ελληνική Αστυνομία.
Όλοι οι απόφοιτοι της Σχολής εξελίσσονται σε άριστους επιστήμονες Αξιωματικούς, με στρατιωτική καταξίωση και ακαδημαϊκή αναγνώριση.
Η Στρατιωτική Σχολή Αξιωματικών Σωμάτων είναι ανεξάρτητος Διακλαδικός Σχηματισμός επιπέδου Ταξιαρχίας και υπάγεται στον κ. Υπαρχηγό ΓΕΕΘΑ.