Οι παρεμβάσεις έχουν κυρίως δύο χαρακτηριστικά:
-Προβλέπουν την ύπαρξη ενός μεταβατικού χρονικού διαστήματος για την σταδιακή εφαρμογή των διατάξεων του νόμου
-Περιλαμβάνουν ορισμένες αλλαγές σε σημεία τα οποία "αποδείχθηκε, κατόπιν εξαντλητικού διαλόγου με όλες τις ενδιαφερόμενες πλευρές (πολιτικά κόμματα, Σύνοδος Πρυτάνεων, Σύλλογοι διδασκόντων σε Πανεπιστήμια και ΤΕΙ, κλπ.) ότι χρήζουν βελτιωτικών παρεμβάσεων, οι οποίες δεν ανατρέπουν τη βασική φιλοσοφία του Ν.4009/2011, αλλά δημιουργούν βασιμότερες προϋποθέσεις για την καλύτερη, πληρέστερη και αποτελεσματικότερη εφαρμογή του".
Νέες διοικήσεις θα έχουν επί της ουσίας τα πανεπιστήμια της χώρας τον Δεκέμβριο του 2012. Οι νυν πρυτανικές αρχές τους, σύμφωνα με το σχέδιο νόμου που κατατέθηκε ήδη στη Βουλή για ψήφιση, θα ολοκληρώσουν την θητεία τους, αλλά μέχρι τις 25 Οκτωβρίου του 2012, πρέπει να έχουν ολοκληρώσει τις διαδικασίες εκλογής των μελών των νέων Συμβουλίων Διοίκησης τους.
Επί της ουσίας δηλαδή, στα πανεπιστήμια και τα ΤΕΙ της χώρας, θα επικρατεί για λίγο καθεστώς "διαρχίας", καθώς θα έχουν εκλεγεί μεν τα νέα Συμβούλια, αλλά την διοίκησή τους θα ασκούν οι νυν πρυτανικές τους αρχές για όσο διαρκεί η θητεία τους. Η εκλογή αυτή μπορεί να γίνει και με επιστολική ή ηλεκτρονική ψήφο, ενώ οι πρυτάνεις τους που δεν θα κάνουν εκλογές, μπορούν να διωχθούν για παράβαση καθήκοντος.
Όπως αναφέρεται χαρακτηριστικά στο άρθρο 2 του σχεδίου νόμου του υπουργείου Παιδείας "κατά την πρώτη εφαρμογή της διάταξης αυτής (για την εκλογή Συμβουλίων), η σχετική αρμοδιότητα ασκείται από το Πρυτανικό Συμβούλιο και η όλη διαδικασία συγκρότησης αυτού ολοκληρώνεται υποχρεωτικά έως και την 25η Οκτωβρίου 2012. Τα ήδη, κατά τη δημοσίευση του παρόντος νόμου, αναδεδειγμένα Συμβούλια διατηρούνται έως τη λήξη της θητείας τους".
Για τα 3 πανεπιστήμια η θητεία των οποίων λήγει τον Αύγουστο, παρατείνεται για 3 μήνες ως τον Δεκέμβριο του 2012.
Κατά τα άλλα στο σχέδιο νόμου περιλαμβάνονται όσα είναι ήδη γνωστά, οι ακαδημαϊκές αρμοδιότητες αφαιρούνται από τα Συμβούλια Διοίκησης και περνούν στην Σύγκλητο, ο Κοσμήτορας εκλέγεται από λίστα που θα συντάσσουν τα μέλη του Συμβουλίου, τα τμήματα διατηρούν τον ακαδημαϊκό χαρακτήρα τους αλλά θα υπάγονται διοικητικά στις Σχολές κάθε Ιδρύματος. Ο Πρύτανης δεν μπορεί να εκλεγεί για δεύτερη συνεχή θητεία στο ίδιο ίδρυμα, ενώ ο κοσμήτορας δεν μπορεί να εκλεγεί για τρίτη συνεχή θητεία.
-Αλλάζουν έδρα πανεπιστήμια, μετονομάζονται ή συγχωνεύονται ή καταργούνται τμήματα και σχολές όταν:
α) Όταν είναι αναγκαίο για την εξυπηρέτηση συγκεκριμένων κοινωνικών αναγκών για την ανάπτυξη της ανώτατης εκπαίδευσης ή για την καλλιέργεια νέων επιστημονικών και τεχνικών πεδίων ή πεδίων διεπιστημονικού χαρακτήρα που κρίνονται απαραίτητα για την οικονομικοκοινωνική ανάπτυξη της χώρας και δεν καλύπτονται με επάρκεια από τα Α.Ε.Ι. ή τις σχολές ή τα Τμήματα που λειτουργούν.
β) Όταν επιβάλλεται από το δυσανάλογα μεγάλο ή αντίστοιχα μικρό ετήσιο αριθμό φοιτητών ή αποφοίτων ανά καθηγητή σε ένα Α.Ε.Ι. ή μια σχολή ή ένα Τμήμα.
γ) Όταν η λειτουργία μεμονωμένων Α.Ε.Ι. ή σχολών ή Τμήματος δεν δικαιολογείται επιστημονικά
δ) Όταν είναι σύμφωνες με τις ανάγκες και τις δυνατότητες της εθνικής οικονομίας.
Ο Υπουργός Παιδείας πριν υποβολή της ανωτέρω πρότασης υποβάλει ερώτημα, συνοδευόμενο από ειδική τεκμηρίωση, για έκδοση γνώμης από την Αρχή Διασφάλισης και Πιστοποίησης της Ποιότητας στην Ανώτατη Εκπαίδευση (ΑΔΙΠ), καθώς και από το Συμβούλιο των οικείων ιδρυμάτων, μετά από διατύπωση γνώμης της Συγκλήτου αυτών. Στα ιδρύματα που δεν έχει ακόμα συγκροτηθεί Συμβούλιο, η ανωτέρω αρμοδιότητα ασκείται από την Σύγκλητο.